Sigara akciğer ve kalpte birçok hayati tehlike arz eden hastalıklara sebep olduğu gibi sindirim sisteminde de birçok rahatsızlıklara neden olur. Her yıl 400.000 kişi sigara nedeniyle hayatını kaybetmektedir.  Erkekler daha fazla sigara kullanıyor gibi görülse de çocuk ve kadınlar daha fazla kullanmaktadır. Sindirim siteminde en çok reflü hastalığı ve peptik ülserdir. Sigara içimi Crohn hastalığı ve safra kese taş riskini arttırır, karaciğerin ilaç ve alkole olan metabolizmasını etkiler.

Reflü

Sigara safranın duodenumdan mideye geri kaçışını arttırır.

Peptik Ülser Hastalığı

Birkaç nedenle sigara peptik ülser gelişimini arttırır. En önemlisi Helikobakter pilori enfeksiyonu gelişimi riskinin arttığı gözlenmiştir. Bazı çalışmalar ile sigaranın pankreas tarafından üretilen bikarbonat üretimini azalttığı mide asit salgısını arttırdığı gözlenmiştir. Sigara ülserin düzelme süresini de uzatmaktadır. 

Karaciğer Hastalığı

Karaciğerin görevlerinden biride toksinler, ilaçlar ve alkolün vücuttan atılmasını sağlamaktır. Sigara içimi bu görevi etkilemektedir.

Crohn Hastalığı

Yapılan çalışmalar halen sigara içenlerde veya sigarayı bırakmış olanlarda Crohn hastalığı gelişme riskinin sigara içmeyenlere oranla daha fazla arttığını göstermiştir. Kadınlarda bu oran biraz daha yüksektir.

Safra Kese Taşı

Birkaç çalışmada özellikle bayanlarda safra kese oranı taşı sigara içenlerde daha sık olarak gözlenmiştir.